Cysegrwyd eglwys y plwyf presennol Sant Pedr, wrth ymyl yr A494, yn 1863 fel rhan o Ddeoniaeth Dyffryn Clwyd yn esgobaeth Llanelwy. Roedd gan y plwyf boblogaeth o 527 yn 1831, ond roedd y nifer wedi lleihau i 285 erbyn adeg cyfrifiad 1901. Yn 1870-72, roedd yr Imperial Gazetteer of England and Wales gan John Marius Wilson yn disgrifio Llanbedr Dyffryn Clwyd fel hyn:
LLANBEDR-DYFFRYN-CLWYD, a parish in Ruthin district, Denbigh; on the river Clwyd, under MoelFamman mountain, 2 miles NE of Ruthin r. station. It includes the townships of Bodelgar, Llwynedd, Rhiwia, and Treganol; and its Post town is Ruthin, Denbighshire. Acres, 2,900. Real property, £3,175. Pop., 431. Houses, 99. The property is divided among a few. Llanbedr Hall and Berth are chief residences. MoelFamman mountain has an altitude of 1,845 feet; and Moel-Veulli camp is at an altitude of 1,722 feet. The living is a rectory in the diocese of St. Asaph. Value, £415.* Patron, the Bishop of St. Asaph. The church was built in 1863. Charities, £15.
Mae hen eglwys Sant Pedr yn adeilad rhestredig Gradd II, wedi ei restru fel adfail eglwys plwyf ganoloesol. Bu’r safle yn ganolfan addoli ers dechrau’r cyfnod Cristnogol yng Nghymru, ac yn ganolbwynt i fywyd y pentref. Mae ein hunaniaeth ysbrydol a’n gwreiddiau diwylliannol yma. Credir bod perthynas rhwng yr eglwys a’r anheddiad cysylltiedig a adwaenid fel Llanbedr Uchaf â’r bryngaerau Oes yr Haearn ar Fryniau Clwyd. Mae’r cofnod cyntaf y gwyddwn amdano yn ymddangos yn “The Valuation of Norwich” yn 1254 fel Ecc’a de Lampedir. Cafodd ei chynnwys yn y “Taxatio Ecclesiastica” (treth y Pab Niclas IV) yn 1291 fel Llanpetya. Mae’r adeiladwaith yn deillio o ddau brif gyfnod. Mae’n debygol bod yr hanner gorllewinol wedi ei adeiladu yn nechrau’r drydedd ganrif ar ddeg a bod yr estyniad neu’r adeilad newydd ar yr ochr ddwyreiniol o’r bedwaredd ganrif ar ddeg neu’r bymthegfed ganrif. Ychwanegwyd y cwt clychau yn nechrau’r bedwaredd ganrif ar bymtheg. Bu farw Joseph Ablett, a fu’n berchen ar Blas Llanbedr ers 1804, ym 1848 a gadawodd y plasdy i’w lys-nai John Jesse. Roedd y fynwent yn llenwi erbyn diwedd yr 1850au ac fe’i caewyd yn ffurfiol trwy Ddeddf Seneddol yn 1859, ac eithrio claddu priod y rhai a oedd eisoes wedi eu claddu yno. Tua’r adeg hon cwynodd John Jesse ei fod wedi gweld gweddillion dynol o gladdedigaeth flaenorol yn cael eu tarfu yn ystod gwasanaeth claddu. Penderfynodd na fyddai’n rhoi rhagor o dir i ehangu’r fynwent, ond cynigiodd adeiladu eglwys newydd a fyddai’n cynnwys mynwent newydd Dechreuwyd adeiladu’r eglwys newydd ym 1863 ac fe’i chysegrwyd ym mis Medi 1864. Fodd bynnag, bu farw John Jesse ym 1863 ac fe’i claddwyd ym mynwent yr hen eglwys. Parhawyd i gynnal gwasanaethau rheolaidd yn yr hen eglwys tan 1864, ond wedi hynny fe’i defnyddid ar gyfer angladdau yn unig, tan 1905. Yn anffodus cafodd yr hen eglwys a’r fynwent eu hesgeuluso, ac aeth rhwng y cŵn a’r brain. Yn 1896 cofnodwyd yng ngofnodion yr eglwys ei bod mewn cyflwr mor wael y dylid tynnu’r to a lleihau uchder y waliau ar y ddwy ochr. Mae hyn yn egluro’r cyflwr presennol. Yn 1911 dywedodd Adroddiad Comisiwn Brenhinol ar gyflwr eglwysi yng Nghymru: “This abandoned and roofless building is a sad spectacle of indifference and neglect. The stonework of the east window is still fairly perfect”
Yn 1973 ffurfiwyd Cyfeillion Hen Eglwys Sant Pedr i atgyweirio a sicrhau cadwraeth adfail yr eglwys a’r fynwent.
Dadgysegrwyd yr hen eglwys yn 1991. Corff Cynrychioliadol yr Eglwys yng Nghymru sy’n berchen ar yr eglwys yn awr. Mae’r gwaith adfer a chynnal a chadw yn parhau dan ofal Pwyllgor Cadwraeth Hen Eglwys Sant Pedr, a ffurfiwyd yn 2005.
Beddau nodedig:
1616. Margaret Lloyd, unig etifedd John Lloyd, Plas Llanbedr.
Priododd Richard Thelwall, un o feibion ieuengaf teulu Thelwall Bathafarn. Bu rhai o deulu’r Thelwall yn byw ym Mhlas Llanbedr o hynny ymlaen nes ei werthu i Joseph Ablett yn 1804.
1848. Joseph Ablett a 1854 Ann Ablett, cyn berchnogion Plas Llanbedr.
1863. John Jesse, noddwr yr eglwys newydd.